No Lleva el mismo nombre el manga pero sta basado en la historia.
Con el gran éxito de la serie, no se hizo esperar una versión manga. Estuvo a cargo de Satoru Akahori (guión) y Yumisuke Kotoyoshi (dibujo). Se publicó en la revista Comic Dragon y luego en Dragon Jr. de la editorial Kadokawa Shoten entre 1996 y 1999. La historia se diferencia mucho del anime en su trama. También, a diferencia de la serie, tiene contenido ecchi. La serie se recopiló en cinco tomos y sexto tomo especial llamdo Parody Special, desconectado de la historia común y a modo de comedia. También existe una versión manga de una historia paralela de Saber Marionette llamada 'SM Girls: Gaiden Saber Marionette Z'.